Margaret sinh ngày 23 tháng 3 năm 1430[1], tại Pont-à-Mousson, Loraine, là một thái ấp nằm trong Đế quốc La Mã thần thánh ở phía Đông, vùng này thuộc sự cai quản của nhà Valois-Anjou, là một nhánh khác của các vị Vua của Vương quốc Pháp. Bà là con gái thứ 2 của René xứ Anjou và Isabella, Nữ Công tước xứ Lorraine. Trong gia đình bà có 5 anh trai và 4 chị em gái khác, cũng như 3 người anh chị em cùng cha khác mẹ do quan hệ giữa cha bà với các tình nhân khác. Cha của bà, có biệt hiệu 「Vị vua tốt René; Good King René」, là Công tước xứ Anjou và là Quốc vương trên danh nghĩa của các Vương quốc Naples, Sicily và Jerusalem. Dẫu về mặt lý thuyết ông có rất nhiều quyền lực, nhưng ông được miêu tả như 「"Vị vua có nhiều Vương miện nhưng không có Vương quốc"」 bởi các sử gia. Margaret được rửa tội tại Toul, Loraine và được chăm sóc bởi vị nhũ mẫu của cha bà, Theophanie la Magine.

Từ nhỏ, Margaret được mô tả là xinh đẹp, và có bản lĩnh vững vàng, trưởng thành và đầy kiêu hãnh, khác xa với độ tuổi còn non trẻ của mình[2]. Bà biết rất rõ vai trò của mình trong việc bảo vệ lợi ích của ngai vàng[3], và được nhận định là kế thừa từ mẹ bà, Nữ Công tước Isabella xứ Lorraine. Nữ Công tước Isabella là một nữ thừa kế của nhà Ardennes-Metz, một gia tộc nhiều năm trị vì Công quốc Lorraine (Duchy of Lorraine; nay là Lorraine, thuộc vùng Đông Bắc nước Pháp). Tính uyên bác và độc lập của Isabella đã giúp bà tích cực đấu tranh đòi quyền trị vì của chồng mình trên đất Naples, khiến René cuối cùng trở thành "Quốc vương" của đất nước này. Bên cạnh đó thì bà nội bà, Violant của Aragon, Nữ công tước xứ Anjou, cũng là một phụ nữ nổi tiếng vì đã hướng dẫn cha bà trị vì Anjou đồng thời còn giúp con rể là Charles VII của Pháp giành lại thực quyền cai trị Pháp từ tay quân đội nước Anh[2][3][4]. Những truyền thống này của gia đình được lý giải vai trò lớn của Margaret trong Chiến tranh Hoa Hồng về sau, nhưng đây cũng là lý do bà bị chỉ trích, bởi vì phụ nữ tham gia chính trị là điều cấm kị tại Anh khi ấy[5]. Bà trải qua tuổi thơ tại lâu đài vùng Tarascon, Provence và trong các lâu đài tại Capua, gần với Naples. Ngay từ nhỏ, bà được mẹ giáo dục rất kĩ lưỡng và chỉ định học giả Antoine de la Sale làm thầy dạy cho bà.